故事设定在前作时代的300年后，讲述一个代号为幽灵的邪恶女巫，因为祖先被47浪人所杀，决心复仇的她妄图毁灭全部武士，47浪人的后裔会让她如愿以偿吗生命中有些遇见，注定会刻骨铭心。...

为了得到传说中的德川家族的价值两千亿美元的宝藏，鲁邦准备从钱形警部手中偷取取得宝藏的指引玻璃夹板（其实就是一个有相片的像框…）。但这一回却两次行动都以失败告终，玻璃夹板还是被老爹（钱形警部）顺利地送到收购者麦克铃木处。为了采访为前来负责为庆祝新建的东京水上乐园开幕式的各国政要做安全工作的钱形老爹，女记者一色玛丽亚（CV：林原惠）与老爹被牵入了麦克铃木的阴谋之中；财宝的真想是什么？麦克铃木的阴谋又是...