小智(松本梨花 配音)带着皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着奇巧宝贝胡巴(钉宫理惠 配音)的少女麦亚丽(中川翔子 配音)。胡巴能够制造出奇巧的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭人生就像一场戏,我们既是演员,也是观众。
地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了,曾经,在这里发生过一场声势浩大的奇巧宝贝战争,亦是因为这场战争,这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里,麦亚丽和哥哥巴尔扎(藤原龙也 配音)汇合了,让大家没有想到的是,巴尔扎竟然得到了封印着可怕奇巧怪手的瓶子。在误打误撞之中,封印被解开了,那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日,而它的真实身份,竟然是超胡巴(山寺宏一 配音)。