夏日的一天,红发女孩玛丽(杉咲花 配音)被送到阿姨夏洛特所在的乡间小屋度假。初来乍到,玛丽对周遭的一切还不那么适应,特殊是顽皮男孩彼得(神木隆之介 配音)有意和她对着干,令玛丽实在快乐不起来。偶然一次的林间探险,玛丽见到了传说中的魔法之花“夜间飞行”,还找到了一柄破扫帚。偏偏这把魔法扫帚载着玛丽飞上天空,来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个奇巧的所在,玛丽受到曼布勒切克女士(天海佑希 配音)的殷勤接待,还邂逅了怪模怪样的D博士(小日向文世 配音)。虽然女孩懵迷糊懂成为了魔法学员,可是他很快发现了这里所隐蔽的秘密…命运的车轮滚滚向前,我们都是那车轮下的尘埃。
本片根据改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说改编,是米林宏昌离开吉卜力工作室后制作拍摄的第一部动画长片。