秘密行动组3起始，Jonas在逃往巴拿马时被政府刺客盯梢。在华盛顿，Col. Ryan尝试去搞清楚谁是试图拆散秘密行动组的幕后黑手，想要了解接近真相的答案。在回基地时，Tiffy去监狱看望悲惨的Mack，希望能拯救他们崩溃的婚姻。Kim把孩子安置好之后回到德克萨斯的家。最后，Jonas和他的团队一边逃避被追捕，一边尝试找出秘密组织瓦解背后主谋的身份。他们还要搜寻被关在隐秘位置受着折磨的Mack...

　　在新的一季中主人公们依然到世界各地执行秘密任务，而他们的妻子则在后方默默的守候支持他们，并为丈夫保守秘密。他们的冒险依然在继续，此次当秘密行动组前往巴基斯坦执行任务时，一个主要成员留了下来，他打算永久地离开Fort Griffith和他的行动组。Mack和Tiffy不安地规划着离开行动组的新生活，而Mark的前队友们正在野外奋力拼搏。在巴基斯坦成功的完成阻截包裹的任务后，秘密行动组必须进行重组...